Az ELKH BLKI fő feladata a magas szintű alap és alkalmazott kutatás a limnológia területén. Kutatásaink a Balaton és vízgyűjtőjének élővilágára, annak tér és időbeni változásaira, anyagforgalmi sajátosságaira és az ezekre hatással lévő környezeti és antropogén tényezőkre koncentrálnak. Jelen projektben a BLKI az alábbi kutatási tevékenységekkel vesz részt: i) a teljes tavi elsődleges termelés és az azt szabályzó kulcstényezők részletes megismerése; ii) a teljes planktonikus közösség (fitoplankton, zooplankton, bakterioplankton) mennyiségi viszonyainak feltárása és a közöttük lévő kapcsolatrendszer vizsgálata; iii) az algák mennyiségének térinformatikai módszerekkel végzett folyamatos nyomon követése; iv) a plankton foszforállapotának feltérképezése; v) az üledék felszínén élő bentikus algák szerepének megismerése és a planktonikus/bentikus életforma előtérbe kerülésének, vagy háttérbe szorulásának megértése; vi) az algák által termelt szén táplálékhálózatban történő hasznosulásának feltárása;

vii) inváziós és őshonos hal, madár és makroszkopikus gerinctelen fajok terjedésének, térbeli eloszlásának és időbeli dinamikájának feltárása a Balatonon és vízgyűjtőjén hagyományos és egyes élőlénycsoportok esetében újszerű (genetikai, környezeti DNS) módszerekkel; viii) az élőlény-közösségek sokféleségének és közösség-szerveződésének megismerése, az ezeket szabályozó faktorok szerepének feltárása a Dunában és árterén (pl. Gemenc) és kisebb vízfolyásokban; ix) a Balatonban kimutatott stabil és biológiailag aktív humán eredetű kémiai faktorok (pl. gyógyszerhatóanyagok, UV védők) víz és üledék fázis közötti megoszlásának jellemzése; azok külön-külön és együttes (interakciók) ökofiziológiai és környezettoxikológiai hatásvizsgálata a nem célzott gerinctelen és gerinces „balatoni” teszt szervezetek egyed, sejt és molekuláris szintjein; a kémiai-faktorok bioakkumulációja, környezeti kockázatelemzése és az azokat prognosztizáló szenzitív marker molekulák azonosítása.